Perakitan Mandiri PCR Sederhana Untuk Pembelajaran Amplifikasi DNA In Vitro

Tanto Budi Susilo, Oni soesanto, Dewi Sri Susanti, Arfan Eko Fahrudin, Tiara Elma, Yuyun Hidayat, Sutomo Sutomo, Badruzsaufari Badruzsaufari, Lalu Rudyat Telly Savalas

Abstract


Pada dua dekade terakhir, Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu metode yang digunakan dalam kurikulum pendidikan sains terutama terkait erat dengan matakuliah bioinformatika pada sains biologi, kimia, farmasi, fisika, statistika, dan matematika. Metode ini berupa alat yang mampu mengamplifikasi DNA secara luar sel (in vitro). Prinsip metode PCR adalah mengukur aktivitas enzim DNA polymerase dengan indikator amplifikasi DNA secara in vitro. Sedangkan, perakitan mengunakan elemen pemanas, regulator arus listrik dan chamber. Alat ini dirangkai di Laboratorium Organik dan Biokimia, Program Studi Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Lambung Mangkurat (ULM). Untuk validasi metode PCR rakitan mengunakan fragmen cox mtDNA ikan kihung (Channa lucius) dan telah dipraktekkan oleh mahasiswa semester 5 Program Studi kimia dan matematika. Elaborasi dengan metode Structural Equation Modelling (SEM) digunakan untuk mengetahui persepsi mahasiswa terhadap alat PCR sederhana ini. Selanjutnya, sebanyak 48 mahasiswa memberikan respon terhadap perakitan alat PCR sederhana. Hasilnya adalah responden sangat mengerti (9,70%), mengerti (75,72%), kurang mengerti (14,58%) dan tidak mengerti (0%). Sehingga perakitan alat PCR sederhana ini diharapkan menjadi alternatif untuk penguatan kurikulum pendidikan sains.

Kata kunci: PCR, DNA polymerase


Full Text:

PDF

References


Alison, A., (2016), The quiet revolutionary: How the co-discovery of CRISPR explosively changed Emmanuelle Charpentier's life, Nature. 532 (7600): 432–434. doi:10.1038/532432a

Jinek, M., Chylinski, K., Fonfara, I., Hauer, M., Doudna, J. A., and Charpentier, E., (2012), A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity, Science, Vol. 337, ssue 6096, pp. 816-821, https://doi.org/10.1126/science.1225829

Kariko, K., Buckstein, M., Ni, H., and Weissman, D., (2005), Suppression of RNA recognition by Toll-like receptors: the impact of nucleoside modification and the evolutionary origin of RNA, Immunity. 23 (2): 165–75. doi:10.1016/J.IMMUNI.2005.06.008

Pääbo, S., (1989), Ancient DNA: extraction, characterization, molecular cloning, and enzymatic amplification, Proceedings of the National Academy of Sciences 86 (6), 1939-1943 https://doi.org/10.1073/pnas.86.6.1939

Pardi, N., Hogan, M. J., Porter, F. W., and Weissman, D., (2018), MRNA Vaccines-A New Era In Vaccinology, Nature Reviews Drug Discovery, volume 17, pages 261–279.

Saiki, R. K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K. B., Horn, G. T., Erlich, H. A., Arnheim, N., (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science, 230 (4732): 1350–4., doi:10.1126/science.2999980

Sanger, F., Nicklen, S., and Coulson, A., (1977). DNA sequencing with chain-terminating inhibitors, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (12): 5463–5467. doi:10.1073/pnas.74.12.5463.

Sanger, F., Coulson, A. R., Barrell, B. G., Smith, A. J., and Roe, B. A., (1980), Cloning in single-stranded bacteriophage as an aid to rapid DNA sequencing, Journal of Molecular Biology, 143 (2): 161–178. doi:10.1016/0022-2836(80)90196-5

Susilo, T. B. (2010), Penentuan Laju Mutasi dan Pusat Sebaran D-loop mtDNA Manusia Ancient Sangiran, Disertasi, ITB (unpublish).

Susilo, T. B., Soesanto, O., Wahjono, S. C., Manik, T, N., Susanti, D. S., Dares, G. B., Thresye, Krisdianto, Hidayat, Y (2023a), Epistemologi Teknologi PCR Bagi Millinneal Post Covid-19 Di Minggu Raya, Ilung, Vol. 3, No. 2 November 2023, Hal. 247-262 DOI: https://doi.org/10.20527/ilung.v3i2

Susilo, T. B, Fitria, R., Sidabariba, G. I. D. S., Mufidhah, S. A., Jariyah, A., Agustina, N., dan Safarina, T., (2022a), Penyimpan Gas Cair Khusus, Jurnal Pengabdian Ilung, Vol. 2, No. 2 November 2022, Hal. 330-336 DOI: https://doi.org/10.20527/ilung.v2i2.

Susilo, T. B., Mustikasari, K., Sobah, N., & Rani S., (2022b), Studi biogeografis ikan kihung berbasis berat dan jenis molekul protein, dari Situs Bukit Bangkai, Bioscientiae, Volume 19, Nomor 1, Halaman 11-30https://ppjp.ulm.ac.id/journals/index.php/bioscientiae.

Susilo, T. B., Yunus, R., Sanjaya, R. E., Soesanto, O., Akbar, A. R. M., dan Hidayat, Y., (2023b), Penyuluhan Asal Mula Teknologi Vaksin Bagi Millinneal Pasca Covid-19 Di Minggu Raya, Ilung, Vol. 3, No. 2 November 2023, Hal. 229-237 DOI: https://doi.org/10.20527/ilung.v3i2

Susilo, T. B., Yunus, R., Irwan, A., Soesanto, O., Akbar, A. R. M., Fitria, R., dan Muktiningsih, (2023c), Perakitan Gas Chromatography Sederhana Untuk Pembelajaran Instrumen Pemisahan Senyawa Kimia, Ilung, Vol. 2, No. 4 Mei 2023, Hal. 691-697 DOI: https://doi.org/10.20527/ilung.v2i4

Watson, J. D., and Crick, F, H. C., (1953), Molecular Structure of Deoxypentose Nucleic Acids, Nature, Vol. 171




DOI: https://doi.org/10.20527/ilung.v3i3.12011

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


LPPM Universitas Lambung Mangkurat
Jl. Brigjen H. Hasan Basry Kotak Pos 219 Banjarmasin 70123 Telp/Fax: (0511) 3305240
✉Email :[email protected]
Contact Person: Whatsapp -> Nurul (082193508414) 
🔎Website: https://ppjp.ulm.ac.id/journals/index.php/ilung/index
🔎Pengiriman naskah/registrasi : https://ppjp.ulm.ac.id/journals/index.php/ilung/index
🔎Unduhan Panduan Penulisan: https://bit.ly/Template_Jurnal_Ilung